Em 1961, o presidente João Goulart assume a presidência, após a renúncia de Jânio Quadros. O presidente, entretanto, por não dispor de uma base de apoio parlamentar suficiente para aprovar seus projetos de reforma política e econômica, esbarra em graves problemas de governabilidade. Militares contrários ao governo de João Goulart, em 31 de março de 1964, o destituem e assumem o poder por meio de um golpe de Estado, a fim de restabelecer a democracia no país e colocá-lo no cenário da economia mundial.

Assim, em 2 de fevereiro de 1967 é outorgada a Constituição da República Federativa do Brasil . Nos moldes da Constituição de 1937, há concentração do poder na esfera Federal, com amplos poderes ao presidente da República. Destacam-se algumas peculiaridades: forte preocupação com a segurança nacional; a forma de governo republicano é mantida e, apesar de o art. 1º determinar que o Brasil é uma República Federativa, este se aproxima mais de um Estado unitário centralizado do que de um Federalismo.

Ao ampliar os poderes da União, adota a eleição indireta para presidente da República, por meio de Colégio Eleitoral formado pelos integrantes do Congresso e delegados indicados pelas Assembleias Legislativas. O Judiciário também sofre mudanças e são suspensas as garantias dos magistrados. Contudo, a Constituição Federal de 1967 reafirma a existência da Justiça Federal, que havia sido recriada em 27 de outubro de 1965, pelo Ato Institucional nº 2.

A Constituição Federal de 1967 mantém a estrutura do Ministério Público (MP) prevista na Carta de 1946, retomando, inclusive, a garantia de vitaliciedade e inamovibilidade dos membros, aprovados em concurso de provas e títulos, após 2 anos de exercício, que haviam sido retiradas pelos Atos Institucionais n°^s 1 e 2. No entanto, ao contrário da Constituição Federal anterior, o Ministério Público não possui título próprio, está em uma seção no capítulo sobre o Judiciário,estabelecendo que a organização do Ministério Público Federal seja feita por intermédio de lei ordinária.

Essa Constituição sofre várias emendas por sucessiva expedição de atos institucionais (AIs), que servem de mecanismos de legitimação e legalização das ações políticas dos militares, dando a eles poderes extraconstitucionais. De 1964 a 1969, foram decretados 17 atos institucionais, regulamentados por 104 atos complementares.

Em 17 de outubro de 1969, é outorgada a Emenda Constitucional nº 1. Essa emenda substitui a Constituição vigente e passa a vigorar como uma nova Carta. Mas, por não ter sido considerada legítima pelos juristas e pelo Supremo Tribunal Federal, foi mantida a Constituição de 1967, com alterações realizadas pela Emenda nº 1. No texto, o Ministério Público é situado na Seção VII no Capítulo “Do Poder Executivo”, nos arts. 94 a 96, o que evidencia o propósito dos governantes de converter a Instituição em um dispositivo discricionário do governo. O cargo de procurador-geral da República (PGR) passa a ser de livre nomeação pelo presidente da República, excluindo a necessidade de aprovação pelo Senado Federal, e a ser privativo de brasileiro nato.

Em 11 de outubro de 1978, é aprovada a Emenda Constitucional nº 11, que entra em vigor a partir de 1º de janeiro de 1979, sob a presidência de João Baptista Figueiredo. O AI-5, símbolo maior do autoritarismo, é revogado. São restabelecidas as imunidades parlamentares e inicia-se a reforma política. A pena de morte é extinta; são regulamentados os estados de sítio e de emergência; e revogados os atos institucionais e complementares. O crescimento econômico que sustenta os governos militares entre 1968 e 1978 é seguido de uma crise econômica, que se estabelece em 1979, provocando enorme descontentamento em grande parte da sociedade, que estava saturada pela repressão política, o desemprego e a inflação. Em meio às graves dificuldades econômicas, são realizadas as eleições para os governos estaduais em 1982, depois de 20 anos. Está aberto o caminho para a redemocratização quando, em 1985, é eleito Tancredo Neves.